La homotoxicología entiende que la enfermedad se produce por toxinas (venenos, remedios químicos, virus...) que penetran en nuestro organismo a través de la piel, mucosa respiratoria, aparato digestivo... Se llaman homotoxinas.

En un primer momento nuestro organismo intenta librarse de ellas con una reacción aguda de eliminación. Se produce así un aumento de la mucosidad, una diarrea, una erupción cutánea...

Si no conseguimos eliminarlas totalmente, muchas veces porque en lugar de favorecer el drenaje o expulsión lo que hacemos es bloquearlo con fármacos, las homotoxinas se van depositando en los espacios intercelulares de diferentes órganos y tejidos y, a larga, producen una enfermedad crónica que puede evolucionar a la degeneración.

En base a esto se utilizan sustancias homeopáticas (sustancias vegetales, animales o minerales en cantidades inocuas) para favorecer el drenaje y eliminación de toxinas y devolver al organismo su estabilidad.
Se dice que la homotoxicología como la homeopatía curan  " a saltos hacia atrás". Así, si estamos tratando una enfermedad en fase de depósito con la medicación adecuada volverá a aparecer la eliminación inicial que no había concluido. Una vez finalizada la eliminación obtendremos la curación.
 

Por ejemplo, a veces tras un catarro con mucho moco se bloquea la expulsión de éste y a la larga aparece una sinusitis (fase de depósito). Para curarla debemos provocar de nuevo la eliminación mucosa hasta completa expulsión de las toxinas.